行政事业单位部门预算编制程序中的'两上两下'指的是部门预算草案的编制、上报、审核、下达以及预算调整的上报和批复两个阶段。

根据教材原文，'两上两下'具体指部门预算草案的编制、上报、审核、下达以及预算调整的上报和批复，属于预算编制与执行的核心流程。